Głównym celem kontroli wykonywanej przez Urząd jest sprawdzenie prawidłowości i sprawności działania w podległych jednostkach organizacyjnych, a w szczególności:

1. zbadanie zgodności działania z obowiązującymi przepisami prawa, gospodarki finansowej pod względem legalności, gospodarności, celowości, rzetelności a także jawności;
2. ujawnianie nieprawidłowości w organizacji pracy, realizacji zadań i gospodarowaniu mieniem;
3. zbieranie informacji służących Zarządowi i Marszałkowi do podejmowania niezbędnych decyzji;
4. likwidację stwierdzonych nieprawidłowości i zapobieganie ich powstawania oraz usprawnienie działalności kontrolowanych jednostek;
5. gromadzenie i przetwarzanie informacji o kontrolach przeprowadzonych w Urzędzie oraz jednostkach organizacyjnych podległych Samorządowi Województwa.

System kontroli w Urzędzie obejmuje:

1. kontrolę wewnętrzną;
2. kontrolę zewnętrzną.

Kontrolę wewnętrzną w Urzędzie wykonują:

1. Departament Kontroli:
   1. w ramach kontroli funkcjonowania Departamentów, zwłaszcza w zakresie przestrzegania przepisów kodeksu postępowania administracyjnego, stosowania instrukcji kancelaryjnej, załatwiania skarg i wniosków, prowadzenia działalności kontrolnej w ramach nadzoru merytorycznego, przestrzegania terminów realizacji uchwał Zarządu oraz wniosków Komisji Sejmiku,
   2. w ramach kontroli finansowej: zwłaszcza w zakresie przestrzegania procedur kontroli oraz badania i porównywania stanu faktycznego ze stanem wymaganym, pobierania i gromadzenia środków publicznych, zaciągania zobowiązań finansowych i dokonywania wydatków ze środków publicznych, udzielania zamówień publicznych oraz zwrotu środków publicznych;

2. Departament Organizacyjny – w zakresie dyscypliny pracy;
3. Departament Finansów i Skarbu - w zakresie prawidłowości gospodarowania finansami publicznymi, stosowanych zasad rachunkowości, badania operacji gospodarczych pod względem legalności, rzetelności i prawidłowości dokumentów, które stanowią podstawę do przyjęcia lub wydania środków pieniężnych, dotyczą obrotu rozliczeń z bankami, dotyczą przyjęcia i wydania rzeczowych i niematerialnych składników majątku;
4. Pełnomocnik Marszałka ds. Ochrony Informacji Niejawnych oraz Pełnomocnik Marszałka ds. Obronnych i Bezpieczeństwa Publicznego - w zakresie spraw im podległym;
5. Dyrektorzy Departamentów - w odniesieniu do podległych pracowników w zakresie prawidłowości i terminowości załatwiania spraw, prowadzenia dokumentacji, a także pobierania opłaty skarbowej.

Kontrolę zewnętrzną wykonują: Departament Kontroli oraz Departamenty w zakresie należącym do ich właściwości, sprawdzając sposób realizowania na obszarze Województwa zadań publicznych wynikających z aktów prawnych w odniesieniu do wojewódzkich samorządowych jednostek organizacyjnych.

Kontroli zewnętrznych dokonuje Departament Kontroli oraz Departamenty w oparciu o roczny plan kontroli Urzędu sporządzany przez Departament Kontroli na podstawie propozycji dyrektorów Departamentów.

Roczny plan kontroli akceptuje Sekretarz Województwa i zatwierdza Marszałek.

W razie potrzeby, na polecenie Marszałka, dokonuje się kontroli doraźnych poza rocznym planem kontroli.